根据自治区人民政府《关于同意<新疆维吾尔自治区现代畜牧业“十二五”发展规划>的批复》(新政函〔2011〕330号)，《新疆维吾尔自治区现代畜牧业“十二五”发展规划》(以下简称《规划》)正式实施。
《规划》提出“十二五”期间将围绕新疆跨越式发展和长治久安赋予畜牧业工作的新内涵、新使命，以体制改革、机制创新和科技进步为动力，继续坚持“改造提升传统畜牧业，开拓创新现代畜牧业”两个方向，着力转变畜牧业发展方式，全面提高畜产品生产能力、市场供给能力和质量安全水平，着力提高“三牧”工作水平，促进牧区经济社会事业快速协调发展，努力实现畜牧业向质量效益型的跨越和农牧民同步小康目标。到2015年，畜牧业产值占农林牧渔总产值的比重达到35%以上；牛、羊、猪禽良种率分别达到75%、80%和95%；初步形成符合新疆实际的优势特色畜产品现代产业体系；定居率达到65%；畜牧业科技进步贡献率达到50%。
“十二五”期间，全区畜牧业工作的主要任务：一是强化草原生态保护，促进牧区经济快速发展；二是推进畜禽标准化规模养殖，加快转变生产发展方式；三是建设现代畜禽种业体系，稳步提高个体生产水平；四是健全饲草料保障体系，支持饲料工业快速发展；五是提高动物疫病防控能力，确保畜牧业生产安全；六是健全畜产品质量监管体系，提高质量安全水平；七是大力推进畜牧业产业化经营，提高发展水平和规模效益；八是强化科技支撑服务能力，提高现代畜牧业发展水平；九是加强畜牧业环境影响评价，推进畜牧业节能减排。