根据自治区人民政府《关于同意<新疆维吾尔自治区民航“十二五”发展规划>的批复》(新政函〔2011〕301号)，《新疆维吾尔自治区民航“十二五”发展规划》(以下简称《规划》)正式实施。
《规划》提出今后五年新疆民航事业将大力实施民生航空、门户枢纽、品质提升“三大战略”，以持续安全为前提，以机场、空管、航油保障能力建设为支撑，以支线航空、通勤航空、通用航空发展为基础，着力构建枢纽机场、支线机场、通用机场构成的、网络布局合理的机场体系、连接顺畅的航空运输体系、功能完备的通用航空作业体系、机动灵活的航空应急救援体系和配套可靠的航空运行保障体系，带动新疆综合运输体系建设，在改善民生、促进新疆跨越式发展和长治久安中发挥更加突出的作用。
“十二五”时期的主要任务：一是加强机场基础设施建设，打造新疆民航完备机场体系；二是拓展、优化航线网络，实现新疆民航干支联动、协调发展；三是加大市场运力投放，有效满足新疆民航市场需求；四是强化空管保障能力，为新疆民航发展提供有效支撑；五是提升航油供应能力，降低航油供应成本；六是强化航空安全管理，促进新疆民航实现持续安全；七是加强人才、科技与信息化建设，提升运行效率与发展潜力；八是建立节能减排运行机制，实现新疆民航可持续发展；九是加强管理局自身能力建设，切实提高监管能力；十是打造综合交通体系第一节点，促进民航与其他运输方式协调发展。