根据自治区人民政府《关于同意〈新疆维吾尔自治区环境保护“十二五”规划〉的批复》（新政函〔2012〕92号），《新疆维吾尔自治区环境保护“十二五”规划》（以下简称《规划》）正式实施。
《规划》提出了“十二五”期间将牢固树立环保优先、生态立区的理念，坚决走资源开发可持续、生态环境可持续的道路，以解决影响科学发展和损害群众健康的突出环境问题为重点，大力推进主要污染物排放总量控制工作，加大区域流域污染防治力度，切实加强生态保护，强化环境监管，提升环境监管服务能力，着力改善环境质量，防范环境风险，保障环境安全，不断提高生态文明水平，为跨越式发展和长治久安提供有力支撑和保障，确保我区山川秀美、绿洲常在。到2015年，全区环境质量进一步改善，主要污染物排放总量得到控制，生态保护切实加强，污染防治水平和环境监管基础能力显著提升，核与辐射环境安全，为全面建设小康社会奠定坚实的环境基础。
“十二五”期间全区环境保护工作的主要任务：一是深化污染物排放总量控制，促进经济发展方式转变；二是着力解决关系民生的突出环境问题，改善环境质量；三是加强生态保护与监管，提高生态安全水平；四是加强重点领域环境风险防控，维护环境安全；五是实施环境功能区划和区域环保战略，构建环境保护新格局；六是加强监管基础能力建设，提升环境监管服务水平。