2012年12月27日，《新疆维吾尔自治区主体功能区规划》正式发布实施。
《新疆维吾尔自治区主体功能区规划》以《全国主体功能区规划》为依据，结合新疆实际编制的第一个国土空间开发规划，是战略性、基础性、约束性的规划。《新疆维吾尔自治区主体功能区规划》共分五篇十二章，以构建高效、协调、可持续的国土空间开发格局为主线，在对我区国土空间深入分析评价基础上，提出了未来国土空间开发的原则、战略目标和战略任务，明确了国家和自治区级主体功能区范围、功能定位和发展方向，制定了推进主体功能区建设的保障措施。通过主体功能科学布局，将着力构建 “一核两轴多组团”为主体的城镇化战略格局、 “天北和天南两带”为主体的农业战略格局、“三屏两环”为主体的生态安全战略格局，促进新疆国土空间开发格局更加清晰，空间结构不断优化，空间利用效率加快提高，区域发展协调性进一步增强，可持续发展能力全面提升，到2020年基本形成全疆主体功能区布局。
《新疆维吾尔自治区主体功能区规划》将新疆国土空间分为重点开发区域、限制开发区域和禁止开发区域三类主体功能区，按层级分为国家和省级两个层面。重点开发区域是指有一定经济基础，资源环境承载能力较强，发展潜力较大，集聚人口和经济条件较好，从而应该重点进行工业化城镇化开发的城市化地区，主要包括天山南北坡城市或城区以及县市城关镇或重要工业园区，共涉及59个县市。限制开发区域是指关系国家农产品供给安全和生态安全，不应该或不适宜进行大规模、高强度工业化城镇化开发的农产品主产区和重点生态功能区。其中农产品主产区分布在天山南北坡23个县市，重点生态功能区涉及53个县市。禁止开发区域是指依法设立的各级各类自然文化资源保护区域，以及其他禁止进行工业化城镇化开发、需要特殊保护的重点生态功能区，国家和自治区层面禁止开发区域共107处。
《新疆维吾尔自治区主体功能区规划》的编制实施，是新疆国土空间开发思路和开发模式的重大转变，是区域调控理念和调控方式的重大创新，对于推动新疆经济结构战略性调整、加快经济发展方式转变，推进资源节约型、环境友好型社会建设，实现与全国同步全面建成小康社会宏伟目标，推动新疆跨越式发展和长治久安具有重大战略意义。