一是在资金管理方面。北京市在项目资金管理上对交支票项目，根据援建计划分批次进入地方财政帐户统一使用，对于交钥匙项目，资金进入前指在受援地设立的专户进行统一调配使用。对口援助资金实行报账制，与北京市审计局签订委托协议，阶段性开展经济责任审计；天津市援建资金由天津市财政统一拨付到和田地区财政专户，再由和田地区财政根据年度计划拨付到受援县财政专户进行统一使用。安徽省援建资金根据援建规划、年度计划及预算安排，由安徽省财政厅统一拨付至安徽省在皮山县设立的“安徽省援疆专项资金”专户，根据项目进度，从专户拨付资金到项目单位。
二是在项目的组织管理方面。北京市对于援建项目的管理分两种情况，对交支票项目以受援地为主，前方指挥部督导、协调；对交钥匙项目采用全权管理的模式，从项目的前期论证到勘察、设计、招投标、施工、监理、验收均由北京前指全面负责。相关勘察、设计、监理单位与人员均从北京选定，施工单位的选定以邀标方式从北京大型建筑企业（国企）中确定。部分设备及钢材等主要建材以从北京采购为主，委托第三方项目管理公司进行管理实施。天津市交支票项目由受援地负责，交钥匙项目在2011年采取当地招标，设计、施工、监理以当地为主的模式，2012年根据当地需求，为引进先进的项目管理团队及施工技术，采取在天津公开招投标，以天津的建筑企业为主的模式，项目采取BT模式（建造-移交）进行总包为主。安徽省交支票项目由受援地负责。交钥匙项目的建筑单位通过安徽省政府招投标网面向全国进行公开招投标。建立项目管理联系人制度，对每个项目根据性质确定一个责任单位，配备固定联系员，由指挥部相关领导兼任，每个项目确定一名项目长，由县里相关领导担任，形成较为紧密的协调配合机制。